Второй альбом группы, Primitive, c самым большим влияниям нью-метала появился в 2000 году, он оказался самым успешным альбомом группы и достиг 32 номера в Billboard в Великобритании и 11 места в чартах Англии. Во время записи Джои Нуньез (англ. Joe Nunez), барабанщик из Чикаго, заменил Роя Майорга на ударных. Как и предыдущий альбом, Primitive помогали записывать гости из различных групп — Кори Тейлор (Slipknot, Stone Sour), Шон Леннон, Чино Морено (Deftones), Том Арайя (Slayer), Грейд Ивнейл (Will Haven) и другие музыканты. Продюсировал альбом Тоби Райт. В разработке арт-дизайна альбома принял участие Невилл Гаррик, долгое время работавший с Бобом Марли.

3

Третий альбом Макс Кавалера продюсировал сам, он вышел 25 июня 2002 году и достиг 46 позиции в чарте Billboard 200. При записи пластинки не обошлось без изменений в составе группы, Рой Майорга вернулся на ударные. Также в записи участвовали Кристиан Мачадо (Christian Machado)из Ill Nino, Денни Марианино (Danny Marianino) из North Side Kings, Уилли Армет (Wiley Arnett) и Грег Холл (Greg Hall) из Sacred Reich, и племянник Макса Ричи Кавалера (Ritchie Cavalera).

Альбому было дано странное название 3:

Определённо вокруг числа 3 есть какая-то магическая аура Вероятно, это одна из причин, почему я сразу же остановился на названии «3». Плюс ко всему я всегда был фанатом третьих альбомов, будь-то Metallica — «Master of Puppets» или «Black Sabbath» — «Master of Reality», эти работы были действительно мощными. Я надеюсь Soulfly сможет сделать тоже самое. Для меня наиболее важной вещью является быть честным, быть настоящим. Независимо от того затрагиваю ли я хрупкий звук «Soulfly 3» или брутальное звучание «Call To Arms», главное состоит в том, что я являюсь очень правдивым до конца каждой песни. Это то во что я верю. Я продолжаю жить, когда пишу искренне, пишу то, что я наиболее сильно чувствую. Нравится это или нет, согласитесь или нет, но это то как я чувствую и это то как должно быть. Каждый альбом должен различаться. Думаю это то, что делает Soulfly интересными, мы не пытаемся повторять те же вещи всё время.
Макс Кавалера

Тур в поддержку альбома продолжался больше года, группа объехала Северную Америку и Европу, играя на одной сцене с In Flames, Slayer и Will Haven. В сентябре 2003 года, после окончания тура, Долинг, Диас и Майорга покинули Soulfly, оставив Кавалеру единственным ее участником.

Prophecy

В октябре 2003 Кавалера собрал новый состав Soulfly. Джои Нуньез вернулся на ударные, новым гитаристом стал Марк Риццо, бывший участник Ill Nino. В записи участвовало одновременно два басиста — Дэвид Эллефсон, экс участник Megadeth, и Бобби Бёрнс из Primer 55. Таким образом Макс попытался совместить старую и новую школы метала на альбоме.

Макс Кавалера обьяснил на вебсайте группы, что хочет играть с разными музыкантов на каждом альбоме:

Так я собираюсь делать и дальше. Я никогда не хотел чтобы Soulfly была такой группой как Metallica, состоящая из тех самых четырех парней. С каждым новым альбомом Soulfly мы меняли состав и скорее всего будем и дальше так продолжать

Часть альбома была записана в Сербии, с местными музыкантами Eyesburn (трек «Moses»). Денни Марианино и Аша Рабуин (Asha Rabouin) также участвовали в записи, как приглашенные вокалисты. Продюссировал альбом сам Кавалера.

В феврале 2005 года, Soulfly издали свой первый DVD, названный The Song Remains Insane. Это был биографический взгляд на группу, который содержал концертные выступления коллектива по всему миру, интервью и все видеоклипы группы на то время. В августе 2005 года Roadrunner Records переиздали первый одноименный альбом группы в честь празднования 25-летия лейбла.

Dark Ages

В декабре 2004 года началась запись пятого альбома Soulfly — Dark Ages. Тогда же произошли трагические события с близкими Кавалеры: 8 декабря во время концерта в Коламбусе, штат Огайо, был застрелен близкий друг Макса, гитарист группы Pantera Даррел Эббот (Darrell «Dimebag» Abbott). 10 декабря скончался 8-месячный внук Макса и Глории Мозес. В процессе записи Dark Ages Кавалера посетил Сербию, Турцию, Россию, Францию и США, где записывал различные треки вместе с местными музыкантами. Основной состав Soulfly периода Dark Ages: Кавалера, Риззо, Нуньез, Бернс. Также участвовали Дэвид Эллефсон, вокалист группы Eyesburn Койот (Coyote), Билли Милано (Stormtroopers Of Death), Павел «Паштет» Филиппенко (FAQ), Ричи Кавалера (Incite). 4 октября 2005 года, состоялся релиз альбома. Многие критики назвали Dark Ages возвращением Макса Кавалеры к thrash metal корням ранних дней Sepultura. Последовавший концертный тур проходил, по традиции, с помощью различных групп (Deftones, Korn, Throwdown, Skindred). Soulfly посетили Северную и Южную Америку, Европу, Россию и Австралию.

17 августа 2006 года Soulfly отыграли на 10th Annual D-Low Memorial show. Впервые со времен ухода Макса из Sepultura, на одной сцене с ним выступил его брат — Игорь Кавалера. Братья исполнили один из главных хитов Sepultura — «Roots Bloody Roots», а также «Attitude».

После окончания концертов в поддержку Dark Ages, члены группы сосредоточились на сторонних проектах. Кавалера, вместе с Мэтом Таком (Matt Tuck), вокалистом Bullet For My Valentine, участвовал в записи сингла группы Apocalyptica «Repressed», в январе 2007 года посетил Россию, где отметился на альбоме московской группы FAQ, отыграл в Сербии совместно с System Of A Down. Марк Риззо со своим проектом в стиле фламенко-метал (flamenco-meets-shred metal) путешествовал по Северной Америке. Бобби Бернс приобрел студию в Орландо и также работал над сольными проектами (Love Said No, King Street).

12 сентября 2007 года группа начала запись своего нового студийного альбома. 29 июля 2008 альбом вышел.

29 сентября 2008 года в Одессе во Дворце Спорта прошел единственный в Украине концерт группы в рамках тура «Conquer Russia».

5 октября 2008 года прошел концерт в Красноярске (на котором Максу подарили флаг Soulfly).

6 октября 2008 года прошел концерт в Новосибирске, в клубе Отдых. Да… это было знатное мессиво.

7 октября 2008 года, в Омске, в клубе XL, прошёл концерт тура Conquer Russia - был аншлаг. Омск надолго запомнит это шоу. 1,5 часа абсолютного единения в примитивизме, возвращение к корням. А так же протест и коктель Молотова на сладкое.

Текущий состав группы

* Макс Кавалера (Max Cavalera) — гитара и вокал (1997 — наши дни)
* Марк Риззо (Marc Rizzo) — гитара (2003 — наши дни)
* Бобби Бёрнс (Bobby Burns) — бас (2003 — наши дни)
* Джои Нуньез (Joe Nuñez) — ударные, играл также на Primitive (2000 — 2001, 2003 — наши дни)

Бывшие участники

* Джексон Бандейра (Jackson Bandeira) — гитара на Soulfly (1997 — 1998)
* Логан Мадер (Logan Mader) — гитара во время первого тура в поддержку альбома (1998 —1999)
* Рой Майорга (Roy Mayorga) — ударные на Soulfly и 3 (1997 — 1999, 2002 — 2003)
* Марселло Диас (Marcelo Dias) — бас на Soulfly, Primitive, 3 (1997 — 2003)
* Мики Долинг (Mikey Doling) — гитара на Primitive и 3 (1999 — 2003)
* Девид Эллефсон (David Ellefson) — бас на Prophecy (2003 — 2004)